Johannes "Jojo" Betzler es un muchacho alemán de diez años y medio, que en plena Segunda Guerra Mundial se encuentra fascinado por toda la parafernalia e imaginería que rodea al nazismo, está muy orgulloso de pertenecer a las juventudes hitlerianas, aunque su incapacidad para matar a un conejo en un campamento de verano le haya valido el apelativo de Jojo Rabbit. Vive con su madre Rosie, el padre está ausente por la guerra, y su hermana murió. Todo contribuye a que se haya fabricado un amigo imaginario con el que departe con frecuencia, que es nada menos que Adolf Hitler. El descubrimiento de que Elsa Korr, una adolescente judía de la edad que tendría su hermana, está escondida en su casa –la oculta Rosie, pero Jojo lo ignora–, comenzará a alterar tan ingenua y deformada percepción de la realidad.